Joan Fontcuberta nace en Barcelona en 1955. Empieza a interesarse por la fotografía mientras cursa bachillerato en la escuela. Estudia ciencias de la información en la Universidad Autónoma de Barcelona, donde se licencia en 1978. En los últimos cursos compagina sus estudios con experiencia profesional en el ámbito de la publicidad y del periodismo.
Fue profesor en la Facultad de Bellas Artes de la Universitat de Barcelona entre 1978 y 1986. En 1979 participa en la creación del Departamento de Foto, Cine y Video de la mencionada Facultad. Al dejar Bellas Artes siguió ejerciendo la docencia como profesor invitado en diferentes centros y universidades europeos y estadounidenses, entre los que destacan The School of the Art Institute of Chicago (1990); Ecole Supérieure d’Arts Apliques, Vevey, Suiza (1995-2003); Department of Visual & Environmental Studies de Harvard University, Cambridge, Massachusetts, Estados Unidos (2003-2004); School of Art, Media & Design, University of Wales, Newport (2005-2006); Le Fresnoy, Centre National des Arts Contemporains, Turcoing, Francia (2006-2007). A partir de 1993 es profesor asociado de estudios de comunicación audiovisual de la Universitat Pompeu Fabra de Barcelona.
Colabora con asiduidad en prensa regular y publicaciones especializadas en arte e imagen. Ha sido miembro del consejo de redacción de la revista Nueva lente (1976-1978). En 1977 mantiene una columna semanal de crítica fotográfica en El Correo Catalán (Barcelona). En 1980 cofunda la revista Photovision, de la que ejerce como jefe de redacción durante dos décadas. Desde 1980, es asesor de la colección FotoGGrafía de la Editorial Gustavo Gili (Barcelona).
Estudioso de la historia de la fotografía española en el siglo XX y de la creación contemporánea internacional, ha escrito numerosos libros de temáticas relacionadas con la historia, la estética y la pedagogía de la fotografía: destacan El beso de Judas. Fotografía y Verdad (Ed. Gustavo Gili, Barcelona, 1997); La cámara de Pandora. La fotografí@ después de la fotografía (Ed. Gustavo Gili, Barcelona, 2010); y La furia de las imágenes. Nota sobre la postfotografía (Galaxia Gutemberg, Barcelona, 2016 ¬–en prensa), ejerciendo, además, como comisario de múltiples exposiciones dedicadas a algunos de sus aspectos.
Joan Fontcuberta es promotor y fundador de numerosas manifestaciones fotográficas, en 1975 cofunda el grupo FotoFAD y en 1977 el grupo Alabern. En 1979 impulsa las Jornadas Catalanas de Fotografía y en 1982 cofunda la Primavera Fotográfica de Barcelona. Posteriormente, 1996 fue nombrado director artístico del Festival Internacional de Fotografía de Arlés, Francia. En 2008 cofunda la manifestación SCAN.
Entre otras distinciones, Joan Fontcuberta ha sido galardonado con la medalla David Octavious Hill, otorgada por la Fotografisches Akademie GDL en Alemania en 1988, y en 1994 fue distinguido Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres por el Ministerio de Cultura de Francia, en ambos casos como reconocimiento al conjunto de su actividad fotográfica. En 1997 recibe el UK Year of Photography and Electronic Image Grant Award concedido por el Arts Council de Gran Bretaña; en 1998, el Premio Nacional de Fotografía, otorgado por el Ministerio de Cultura; en 2002, el Premio Internacional de Fotografía otorgado por el CRAF (Centro di Ricerca e Archivazione della Fotografia) de Spilimbergo, Italia, en 2011 el Premio Nacional de Cultura, concedido por la Generalitat de Catalunya, y el Nacional de Ensayo, por el Ministerio de Cultura y en 2013 el Premio Hasselblad.
La televisión pública catalana TV3 ha producido un documental sobre su obra, F de Fontcuberta (emitido por primera vez el 4 de noviembre de 2005), y un capítulo de una serie de ficción basada en su proyecto Deconstruint Osama, titulado «El detective: Falsas verdades», (emitido por primera vez el 19 de agosto de 2007). En diciembre de 2009 se emite su primera película “Era rusa y se llamaba Laika” (Archivo Sinapsis, TVE).